第一，滞后的人员编制管理带来了事业单位工作人员新的身份歧视。2002年以来，随着事业单位人员聘用制度的推行，干部与工人的身份意识逐步得到淡化，但一种新的身份意识――“编内”与“编外”人员的身份差异意识却在日益强化。由于编制管理改革没有与事业单位人事制度改革同步进行，编制问题已经成为制造就业歧视的主要理由。一般而言，“编内”人员享有体制内的一切基本保障和各种应有的待遇，而“编外”人员却无法享受与“编内”人员同等的基本保障和待遇，在工资报酬、职业发展、社会保障等方面与“编内”人员严重不平等，导致个别单位甚至将进入“编内”作为对优秀“编外”人员的一种奖励。“编内”与“编外”已经成为事业单位工作人员的一种新的身份标志，“编内”人员意味着进入保险箱，“编外”人员意味着临时和流动，这对“编外”人员就业造成了新的不公平。

第二，滞后的人员编制管理对深入推进事业单位人事制度改革造成了极大困难。由于编制管理滞后，改革中产生了许多问题和矛盾。在岗位设置方面，如何解决工作所需的“编外”人员定岗，已经成为设岗工作的一大难题；在人员聘用方面，由于编制额的限制，许多单位合理的人员招聘受到限制；在工资报酬上，“编内”与“编外”人员同岗不同酬的现象十分普遍，有的同岗不同酬的差别达到了1倍甚至数倍，内部职工福利待遇也有差异；在合同签订方面，“编外”人员合同签订极不规范，甚至不予签订合同，给规范用人，保障劳动者合法权益带来很大困难；在职业发展方面，有的单位对“编外”人员设置许多发展限制，不考虑提职普升和职称评定，等等。这些问题已经严重妨碍了事业单位人事制度改革的顺利进行。

第三，滞后的人员编制管理可能影响到事业单位社会养老保障制度的顺利实施，引发新的社会不公平。目前，事业单位工作人员社会养老保险制度改革试点正在启动。试点过程中将不可避免地面临如何解决事业单位众多“编外”人员养老保险的问题。这其中如“编外”人员是否适用养老保险政策、单位是否为“编外”人员缴费、“编外”人员个人养老金依据什么计算等问题。由于许多单位对编制内外人员实行区别管理和差别管理，因此，能否在养老保险政策上一视同仁，将是一个不可忽视的社会公平和基本民生问题。此外，由于因编制所产生的待遇差异问题，还不时引发上访事件。

面对如此困境，事业单位人员编制管理必须作出调整与改革，以适应社会事业发展，促进人事制度改革，从而服务社会公共服务这个大事业。

事业单位人员编制改革既面临编制需要合理增加，又面临编制需要合理减少的问题。如一方面，随着城乡一体化的推进和外来务工人员的不断增加，大多数沿海农村医疗卫生机构业务量急剧增长，但人员编制却没有得到及时扩充，致使农村医疗卫生工作不能适应新形势需要。没有空编，无法招聘人员；因为缺编，被迫普遍采取留用退休人员或者招收临时人员。另一方面，随着《公务员法》的出台，行政编制收紧，事业单位编制成为紧俏“商品”，因而成为某些公权力掌握者权力寻租、违规用人的腐败温床。人情户、关系户等违规超编进人现象经常发生。

因此，加快推进现有事业单位人员编制管理改革可以选择以下两个方案：

一是逐步取消事业单位人员编制管理制度。这是一个制度性的革命改革方案。这需要解放思想，改变传统思维模式，对事业单位的财政供养体制从以“养人为主”逐步变为以“养事为主”，人员规模不与“编制”挂钩，而与“事业”挂钩。当然，这一方案改变巨大，需要从全局进行统筹考虑。

二是改变传统编制管理方式，建立动态化的人员编制管理机制。这是一个在现有管理体制下的调整改革方案。这一方案要求编制主管部门抛弃原有僵化简单的编制管理手段，充分考虑不同行业特点，不同地区面积及社会经济发展水平，不同层级服务人口等多种因素，将其进行综合分析评估，并引进当代先进的数量统计模型和技术，综合科学地确定人员编制需求总量，并建立常态化的动态调节机制，适时调整和优化事业单位人力资源分布，使人员编制管理有利于而不是阻碍事业单位人事制度改革，促进社会公共事业发展。